秦教授是：《臨床皮膚科雜志》、《中華皮膚科雜志》、《中國中西醫(yī)結(jié)合皮膚科雜志》、《中國皮膚性病雜志》等7個(gè)雜志的編委，常委及副主編。四十余年來，主要從事中西醫(yī)結(jié)合治療自身免疫病及有關(guān)皮膚病的研究。60年代初，在國際上首先發(fā)表了"養(yǎng)陰補(bǔ)腎法治療紅斑狼瘡"的論文。并指出對該病的治療，不僅限于抑制體液免疫的上升，還應(yīng)該調(diào)節(jié)和提高細(xì)胞免疫功能的狀況，其新見解引起國內(nèi)外專家的廣泛關(guān)注，并獲得中央衛(wèi)生部嘉獎(jiǎng)。70年代始，積極開展活血化瘀研究，成為全國活血化瘀研究的組織者和奠基人，并發(fā)表了多篇有創(chuàng)見的活血化瘀的論文，其研究成果受到衛(wèi)生部和國家領(lǐng)導(dǎo)人的重視和醫(yī)學(xué)界的贊賞。1975年始，率先開展用中草藥雷公藤治療系統(tǒng)性紅斑狼瘡的研究，在中華醫(yī)學(xué)雜志外文版發(fā)表了著名的論文，向全世界介紹了雷公藤治療紅斑狼瘡?fù)怀龅寞熜Ш妥饔迷恚艿絿鴥?nèi)外同行的重視，并認(rèn)為"對現(xiàn)代醫(yī)學(xué)和人類生命科學(xué)的發(fā)展作出了貢獻(xiàn)"，其論文被多種文字翻譯轉(zhuǎn)載，20余個(gè)國家和單位要求進(jìn)行合作和深入研究，其研究成果已列入了國家專利，為此受到了日本平成天皇和國家風(fēng)濕病學(xué)會主席的特此接見。全國風(fēng)濕病學(xué)會和全國雷公藤會議授予"雷公藤研究有杰出貢獻(xiàn)的人物"稱號。獲2010年度中國皮膚科醫(yī)師協(xié)會“杰出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)”

其代表性論文： 1 秦萬章，75例播散型紅斑狼瘡辨證論治的探討. 上海中醫(yī)藥雜志，1965,1:18 2 秦萬章，活血化瘀療法在皮膚疾病中的臨床應(yīng)用及其原理的初步探討. 上海第一醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào)，1976,1:64 3 秦萬章，等. 血瘀癥的本質(zhì)及活血化瘀原理的初步探討. 自然雜志，1979,2(2):115 4 秦萬章，等. 雷公藤治療系統(tǒng)性紅斑狼瘡103例報(bào)告. 中華醫(yī)學(xué)雜志（英文版），1981,94(12):827 5 秦萬章，等. 膠原病及其重疊膠原病活血化瘀治療與免疫實(shí)驗(yàn)研究. 中西醫(yī)結(jié)合雜志，1983,3(4):210 6秦萬章，等. 銀屑病的血清唾液酸及環(huán)核苷酸的含量與評價(jià). 中華皮膚科雜志，1984,17(3):167 7秦萬章，等. 29例皮肌炎或多發(fā)性肌炎有關(guān)的重疊綜合征的探討. 中華醫(yī)學(xué)雜志，1985,65(3):175 8秦萬章，等. 膠原病血瘀證的天然殺傷細(xì)胞、β2-微球蛋白及纖維蛋白結(jié)合素免疫實(shí)驗(yàn)的聯(lián)合研究. 中西醫(yī)結(jié)合雜志，1986,11(6):665 其代表性著作： 1 《中西醫(yī)結(jié)合研究叢書、皮膚病研究》上海科技出版社 1990. 2 《中國中醫(yī)秘方大全、外科分冊》文匯出版社 1995. 3 《活血化瘀研究》科技出版社 1984. 4 《雷公藤治病顧問》文匯出版社 1995. 5 《現(xiàn)代中醫(yī)藥應(yīng)用與研究大系·皮膚病》上海中醫(yī)藥大學(xué)出版社 1997. 6 《銀屑病防治》上海醫(yī)科大學(xué)出版社 1997. 7 《紅斑狼瘡防治》上海醫(yī)科大學(xué)出版社 1999. 8 《脫發(fā)》上?？萍汲霭嫔?2000. 以上成果受到國際科技界的重視，其突出的成就被收入英國劍橋、美國北卡國際傳記中心的《世界名人錄》，列入世界有杰出貢獻(xiàn)的人物之列。

秦萬章在《新血證論》研究方面，應(yīng)用涼血、活血、養(yǎng)血等方法治療自身免疫病，其中三藤糖漿等多種制劑，其療效卓著，蜚聲海內(nèi)外。其研究成果曾獲得1965年衛(wèi)生部科技成果二等獎(jiǎng)《中西醫(yī)結(jié)合治療系統(tǒng)性紅斑狼瘡的研究》；1982年全國科學(xué)大會獎(jiǎng)《活血化瘀研究》；1987年上海市科委科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)《清熱調(diào)血糖漿（三藤糖漿）治療各型紅斑狼瘡的臨床及機(jī)理研究》；1990年上海市科委科技三等獎(jiǎng)《涼血、活血、養(yǎng)血法治療膠原病的免疫研究》，1996年，2000年多次獲得全國中西醫(yī)結(jié)合先進(jìn)工作者稱號和嘉獎(jiǎng)。