1985年9月-1989年7月江西中醫(yī)藥學(xué)院攻讀學(xué)士學(xué)位。

 1989年9月-1992年7月 中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所攻讀碩士學(xué)位。

 1992年7月-1995年7月 北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部（原北京醫(yī)科大學(xué)攻）讀博士學(xué)位。

 1992年7月-1995年7月中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所助理研究員。 

 1995年7月-1997年11月 中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所生藥室副主任。 

 1997年11月-2000年7月 中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所副所長(zhǎng)。

 2000年7月-2002年11月 中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所代所長(zhǎng)。 

 2002年11月-2012年10月 中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所所長(zhǎng)。

 2012年12月至今中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥資源中心主任。

 2008年10月至2015年8月 中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院副院長(zhǎng)。

 2015年8月至2018年12月 中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院常務(wù)副院長(zhǎng)。2018年12月—中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院院長(zhǎng)、中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院研究生院院長(zhǎng)。 

 北京市第十五屆人民代表大會(huì)代表，  第十三屆全國(guó)政協(xié)常務(wù)委員。

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2.黃璐琦,等. 雙分子標(biāo)記法的構(gòu)建及在中藥研究中的應(yīng)用[J].中國(guó)中藥雜志,2015（02）

3.黃璐琦,等. 合成生物學(xué)在中藥資源可持續(xù)利用研究中的應(yīng)用[J].藥學(xué)學(xué)報(bào),2014（01）

4.黃璐琦. 中藥怪象:“洋中藥”橫行[J].中國(guó)戰(zhàn)略新興產(chǎn)業(yè),2014（09）

5.黃璐琦,等. 第四次全國(guó)中藥資源普查試點(diǎn)外業(yè)調(diào)查情況簡(jiǎn)報(bào)[J].中國(guó)現(xiàn)代中藥,2013（07）

6.黃璐琦,等. 中藥資源發(fā)展的趨勢(shì)探討[J].中國(guó)中藥雜志,2011（01）

7.黃璐琦,等. 動(dòng)物藥材分子鑒定研究策略[J].中國(guó)中藥雜志,2011（03）

8.黃璐琦. 論中藥藥性理論的研究方向[J].中藥與臨床,2011（02）

9.黃璐琦,等. 系統(tǒng)生物學(xué)方法在藥用植物次生代謝產(chǎn)物研究中的應(yīng)用[J].中國(guó)中藥雜志,2010（01）

10.黃璐琦,等 論中藥用量的特點(diǎn)及研究的關(guān)鍵點(diǎn)[J].中醫(yī)雜志,2009（03）

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13.黃璐琦,等. 道地藥材形成的分子機(jī)制及其遺傳基礎(chǔ)[J].中國(guó)中藥雜志,2008（20）

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20.黃璐琦,等. 中藥材GAP實(shí)施的復(fù)雜系統(tǒng)論——中藥材種質(zhì)資源的現(xiàn)狀、問題及方向[J].中國(guó)中藥雜志,2002（07）

著作12部，代表作有《分子生藥學(xué)》、《分子生藥學(xué)》（第二版）《分子生藥學(xué)》（第三版）。

獲國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎(jiǎng)4項(xiàng)（第一完成人3項(xiàng)，第二完成人1項(xiàng)）、省部級(jí)一等獎(jiǎng)3項(xiàng)、二等獎(jiǎng)7項(xiàng)（第一完成人）。先后獲“全國(guó)優(yōu)秀科技工作者”、“中國(guó)藥學(xué)發(fā)展獎(jiǎng)”、“中國(guó)青年五四獎(jiǎng)?wù)隆薄ⅰ爸袊?guó)青年科技獎(jiǎng)”、“新世紀(jì)百千萬人才工程國(guó)家級(jí)人選”、“中國(guó)中醫(yī)藥十大杰出青年”、“衛(wèi)生部有突出貢獻(xiàn)中青年專家”、“中央國(guó)家機(jī)關(guān)十大杰出青年”、“中國(guó)標(biāo)準(zhǔn)創(chuàng)新貢獻(xiàn)獎(jiǎng)（突出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)）”、“北京十大杰出青年”等榮譽(yù)稱號(hào)，2015年入選中國(guó)工程院院士。

2014年 中藥材生產(chǎn)立地條件與土壤微生態(tài)環(huán)境修復(fù)技術(shù)的研究與應(yīng)用 國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。

2011年 道地藥材形成機(jī)理研究及應(yīng)用 國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。

2008年 珍稀瀕危常用中藥資源五種保護(hù)模式的研究 國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。

2003年 栝樓屬植物的系統(tǒng)演化及其藥材的分子鑒定研究 國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。

2015年 丹參酮生物合成途徑解析及其合成生物學(xué)研究 中國(guó)藥學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)。2010年 道地藥材研究模式及模型構(gòu)建 中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)。

2009年 藥用植物種質(zhì)資源標(biāo)準(zhǔn)化整理、整合及共享試點(diǎn) 中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)。