1924年，任上海浦東中國醫(yī)藥專門學(xué)校主講教師。

1933年，創(chuàng)辦海門保神醫(yī)學(xué)校，親任校長(zhǎng)兼教員。

1956年，受江蘇省衛(wèi)生廳特邀來到南京江蘇省中醫(yī)學(xué)校（南京中醫(yī)學(xué)院前身、現(xiàn)為南京中醫(yī)藥大學(xué)）執(zhí)教，為該院（校）的創(chuàng)始人之一，先后擔(dān)任了金匱教研室顧問，醫(yī)經(jīng)教研組組長(zhǎng)。

1979年，擔(dān)任《金匱要略》、《傷寒論》專業(yè)碩士研究生導(dǎo)師。曾任海門縣政協(xié)委員，歷任南京市三、四、五、六、八屆人大代表，江蘇省中醫(yī)學(xué)會(huì)第一、二、三屆理事，南京中醫(yī)學(xué)院教授，第一批獲得國務(wù)院特殊津貼的專家，江蘇省中醫(yī)學(xué)會(huì)理事、顧問，并兼任光明中醫(yī)函授大學(xué)顧問，張仲景國醫(yī)大學(xué)名譽(yù)教授。

早在1924年，吳考盤年僅21歲即以深厚的功底撰著了《百大名家合注傷寒論》。嗣后，又相繼出版了《金匱要略五十家注》、《本經(jīng)集義》、《難經(jīng)集義》、《素靈輯粹》、《黃帝素問集成》等多部著作。這些宏篇巨論，鐘鼎長(zhǎng)垂，深受國內(nèi)外中醫(yī)學(xué)家的重視，成為當(dāng)時(shí)研究古醫(yī)籍的重要參考書籍。吳考盤被公認(rèn)為著名的經(jīng)典醫(yī)著的注釋家。著名中醫(yī)學(xué)家秦伯未在《百大名家合注傷寒論》序中贊曰：“曲者癖之，直者彰之，破千古之歧說而歸于一”。

20世紀(jì)五十年代，吳考盤在教學(xué)工作之余，又相繼完成了《傷寒論百家注》和《金匱要略百家注》。1961年出版了《麻黃湯六十五方釋義》。

“文革”期間，學(xué)術(shù)研究之風(fēng)一度低落，吳考盤仍一腔熱忱，竭力探求中醫(yī)學(xué)術(shù)真諦。至 “文革”以后，先后參加了《諸病源候論校注》、《難經(jīng)校釋》等審修工作，并相繼審閱了《素問校釋》、《靈樞經(jīng)校釋》、《甲乙經(jīng)校釋》、《脈經(jīng)校釋》和《中藥大辭典》等多部著作。在工作之余，吳考盤還夜以繼日地進(jìn)行了《黃帝素靈?？薄?、《傷寒論百家注》、《金匱要略百家注》、《神農(nóng)本草經(jīng)選解》、《難經(jīng)正義》、《脈學(xué)釋義》、《醫(yī)學(xué)隨錄》、《醫(yī)學(xué)求真》、《江蘇醫(yī)著》等書籍的補(bǔ)充修訂與撰寫并均公開出版。

先后還在全國各類雜志上發(fā)表學(xué)術(shù)論文60余篇，每篇都力求有所創(chuàng)新，示人以啟迪。如《（素問）衍文》、《（素問）錯(cuò)簡(jiǎn)》、《（傷寒論）辨證簡(jiǎn)析》、《（金匱要略）的探討》、《營(yíng)衛(wèi)探討》、《五行與醫(yī)學(xué)》、《方藥探討》、《運(yùn)氣擇言》、《漢唐以前醫(yī)學(xué)成就簡(jiǎn)介》、《醫(yī)理衡正評(píng)議》等論文。

多次被評(píng)為學(xué)院先進(jìn)工作者。